Огромное количество коннектов к базе данных

vikont,
mysql -u root -p
mysql> show status like "%onn%";
+--------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+--------------------------+-------+
| Aborted_connects | 187 |
| Connections | 5637 |
| Max_used_connections | 5 |
| Ssl_client_connects | 0 |
| Ssl_connect_renegotiates | 0 |
| Ssl_finished_connects | 0 |
| Threads_connected | 1 |
+--------------------------+-------+
7 rows in set (0.00 sec)

netstat -an | grep ':3306'
Сколько там коннектов?

vikont,
А я бы сначала посмотрел, что за запросы такие.
Можно сделать логирование медленных запросов и назначить медленными все запросы дольше секунды.
Создадим сам лога:
touch /var/log/mysqld-slow-query.log
Изменим владельца:
chown mysql:mysql mysqld-slow-query.log

А потом в my.cnf
long_query_time = 1
log-slow-queries = /var/log/mysqld-slow-query.log

Потом service mysql restart или service mariadb restart

vikont,
mysql -u root -p
mysql> show status like "%onn%";

Сделал, получил столько yadi.sk/i/1jYAYdkI3QSXX9
Меньше чем через минуту уже столько yadi.sk/i/X4yfWWQ13QSXGY
и постоянно растет

Создадим сам лога:
touch /var/log/mysqld-slow-query.log
Изменим владельца:
chown mysql:mysql mysqld-slow-query.log

А потом в my.cnf
long_query_time = 1
log-slow-queries = /var/log/mysqld-slow-query.log

Потом service mysql restart или service mariadb restart

На этой строчке log-slow-queries = /var/log/mysqld-slow-query.log база ругнулась и не захотела рестартовать
Перезапуск неуспешный. Сервис не работает.
* mysqld.service — MariaDB 10.1 database server
Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/mysqld.service; disabled; vendor preset: disabled)
Active: failed (Result: exit-code) since Fri 2017-12-08 18:37:04 MSK; 18ms ago
Process: 28297 ExecStopPost=/usr/libexec/mysql-wait-stop (code=exited, status=0/SUCCESS)
Process: 25683 ExecStartPost=/usr/libexec/mysql-check-upgrade (code=exited, status=0/SUCCESS)
Process: 28269 ExecStart=/usr/libexec/mysqld --basedir=/usr $MYSQLD_OPTS $_WSREP_NEW_CLUSTER (code=exited, status=7)
Process: 28232 ExecStartPre=/usr/libexec/mysql-prepare-db-dir %n (code=exited, status=0/SUCCESS)
Process: 28209 ExecStartPre=/usr/libexec/mysql-check-socket (code=exited, status=0/SUCCESS)
Main PID: 28269 (code=exited, status=7)
Status: "MariaDB server is down"

Dec 08 18:37:01 ih755596.vds.myihor.ru mysqld[28269]: 2017-12-08 18:37:01 140635129714880 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
Dec 08 18:37:01 ih755596.vds.myihor.ru mysqld[28269]: 2017-12-08 18:37:01 140635129714880 [Note] InnoDB: Percona XtraDB (http://www.percona.com) 5.6.34-79.1 started; log sequence number 17349115
Dec 08 18:37:01 ih755596.vds.myihor.ru mysqld[28269]: 2017-12-08 18:37:01 140634444453632 [Note] InnoDB: Dumping buffer pool(s) not yet started
Dec 08 18:37:01 ih755596.vds.myihor.ru mysqld[28269]: 2017-12-08 18:37:01 140635129714880 [Note] Plugin 'FEEDBACK' is disabled.
Dec 08 18:37:01 ih755596.vds.myihor.ru mysqld[28269]: 2017-12-08 18:37:01 140635129714880 [ERROR] /usr/libexec/mysqld: unknown variable 'log-slow-queries=/var/log/mysqld-slow-query.log'
Dec 08 18:37:01 ih755596.vds.myihor.ru mysqld[28269]: 2017-12-08 18:37:01 140635129714880 [ERROR] Aborting
Dec 08 18:37:04 ih755596.vds.myihor.ru systemd[1]: mysqld.service: main process exited, code=exited, status=7/NOTRUNNING
Dec 08 18:37:04 ih755596.vds.myihor.ru systemd[1]: Failed to start MariaDB 10.1 database server.
Dec 08 18:37:04 ih755596.vds.myihor.ru systemd[1]: Unit mysqld.service entered failed state.
Dec 08 18:37:04 ih755596.vds.myihor.ru systemd[1]: mysqld.service failed.

А вот что мне ТОР показывает Буфер под 2 гига!
После перезапуска всей системы он скромный около 300 мб, потом постоянно растет с ростом коннектов и числа открытых файлов, по практически не опускается сколько раз не перезапускал Базу.

mysql> show status like 'Threads_connected';
это сколько активных коннектов
show processlist;

ещё можно воспользоватся утилитой mytop
вобщем то если исходить из того что у вас нет сторонних модулей и компонентов то наверняка можно сказать — дело не в cms и искать что там в настройках криво.
Если же есть сторонние компоненты то возможно там не закрываются коннекты к базе, попробуйте из отключить.

ещё к стати если в top нажать 1 то можно посмотреть распределение нагрузки по процам если у вас многопроцессорный или многоядерный сервер

vikont,
Злой рок там у Вас какой-то.
Бэкап сайтов, бэкап баз, переустановка сервера и восстановить из бэкапов.
Бэкап лучше сохранить на таком же линуксовом сервере.
Можете заюзать мой тестовый. Логины-пароли не изменились.
=================================================
Кстати, а панель управления у Вас там какая установлена?

Кстати, а панель управления у Вас там какая установлена?

Панель Brainy. Есть очень веские подозрения, что товарищи разработчики сейчас в каком то цейтноте от обнаруженных критических ошибок. Судя по всему, связанных с безопасностью! Просят, пока не доставать с такими пустяками как у меня…
Что там произошло, не известно.
То ли у Brainy слишком много статистики (раньше не мог все наблюдать), то ли мой ВПС кого то сильно интересует, но последние 2 недели меня буквально атаковали по 22 порту, а так же пытались ломать базы данных (Был установлен Mysql 5.6). Одну базу вырубили полностью, буквально на глазах. Спасла система Бэкапирования в панели Brainy/
При первых установках панели Brainy такого дикого "попандоса" не наблюдал.
Кто то еще использует эту панель??? Как у вас с ней дела?
Хочу понять кого ломают, меня или панель!
Для критиков! Несмотря на проблемы, мне все так же нравится панель BRAINY и ее подход к установке сервера. А с проблемами ребята справятся!

Можете заюзать мой тестовый. Логины-пароли не изменились.

Спасибо за щедрое предложение, но к сожалению ваш сервер лежит.

mysql> show status like 'Threads_connected';
это сколько активных коннектов
show processlist;

Текущий скриншот по этим двум командам yadi.sk/i/TNBlVXkm3QSiZX
Правда смешно? А ТОР показывает из 3 гб свободной 235 мб, под пользователями 1140 мб и остальное буфер

Панель Brainy. Есть очень веские подозрения

Подозреваю, что это ответ на вопрос.

но к сожалению ваш сервер лежит.

Все стоит. Сейчас продублирую Вам в личку реквизиты.

ПОБЕДИЛИ! Помог kirkr, за что ему большущее спасибо! Сразу высвободился 1 гб памяти!
Как и обещал, сообщаю о том, что и где....
kirkr исследовав логи обнаружил, что сайт грузили за счет СПАМа через редиректы!
Что сделал: в настройках компонента Редиректы (заходить через админку) отметил чекбокс Проверять HTTP referer и все!
Спасибо всем кто принял посильное участие! Тему закрываю.